在深化增值税改革背景下，综合保税区企业长期受“内外贸税收双轨制”影响。由于区内企业传统上被视同境外企业，国内采购的进项税无法抵扣，“营改增”后部分企业税负不降反增，影响了综保区企业同时利用国内、国际两个市场的能力。为解决这个问题，国家税务总局会同海关总署推出增值税一般纳税人资格试点政策。该政策主要有三项制度突破：一是允许试点企业全额抵扣国内采购进项税；二是对国内货物入区实行“非报关”管理；三是优化保税货物内销征税方式，按货物入区状态而非成品状态计税。日照海关关税处负责人表示，政策有望为企业降低税负约15%—20%。
制度优势最终要体现在企业获得感和市场竞争力上。增值税一般纳税人资格试点以集成化政策回应企业关切，在降低成本、提升效率的同时，也对合规经营和风险防控提出了更明确要求。随着更多企业在实践中沉淀可复制的操作经验，综合保税区有望在连接国内国际双循环中发挥更大作用，为外贸稳规模、优结构和产业转型升级提供更有力支撑。