1583年，李成梁发动了对王杲之子阿台的征讨。这次军事行动，努尔哈赤的父亲塔克世因是王杲的孙女婿，不幸在战乱中丧生。努尔哈赤和他的弟弟舒尔哈齐也被明军俘虏。据《清史稿》记载，太祖努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐在战事中被俘虏，李成梁的妻子对他们二人的外貌感到惊讶，私下放走了他们。一些野史传说中，努尔哈赤曾被收在李成梁麾下当幼丁，蛰伏了多年才找到机会逃走。不过《明史纪事本末》里有不同的说法，认为塔克世虽然和王杲同属一脉，但已经归顺了李成梁。这次战役中，塔克世是作为先锋作战阵亡的。因此，李成梁把塔克世留下来的土地和部众交给了努尔哈赤，还给他发了都督敕书，让他继承了都督指挥的职位。后来努尔哈赤势力越来越大，一步步统一了女真各部、建立后金政权，为父祖报仇就成了他攻打明朝的七大恨之一。晚年时，李成梁和努尔哈赤走得很近，甚至有了借助努尔哈赤的力量攻占朝鲜、自立门户的心思。在边事上他越来越敷衍懈怠，只要努尔哈赤表面上表示忠心，他就给他保奏官职，甚至不惜放弃地盘来讨好对方。这引起了宋一韩、熊廷弼等大臣的强烈弹劾。可以说建州女真势力能在辽东快速崛起并成为明朝边境大患，跟李成梁晚年的纵容和包庇有很大关系。 万历初年张居正掌握大权后，他严格管理边吏毫不手软。但唯独对李成梁特别赏识和提拔。《明史·张居正传》记载，俺答部归顺不再侵扰内地了，唯独小王子率领十几万大军直扑辽东左部地区。因为不能正常进行贸易往来多次入侵。张居正让李成梁镇守辽东、戚继光镇守蓟门。李成梁奋力作战击退敌人功劳多到封爵宁远伯、戚继光防御严密。张居正对两人都很器重边境因此安宁。张居正推行辽东主动进攻战略，重用李成梁镇守辽东核心就是看中他“敢战深入”骁勇善战的军事特质。 张居正的文集中虽然没有直接写给李成梁的信件但在给别人的信里多次表现出对他的特殊关照和庇护。针对当时边防弊病张居正结合李成梁的个人特点把事情处理得很稳妥周全显示出对这位将领的看重。史书中写道：“万历初张居正当国以法律约束边吏没有一点宽容唯独奖励提拔成梁超过其他将领成梁也因此振作起来”。 李成梁为了报答张居正的知遇之恩拉近私人关系功封宁远伯之后曾派人送黄金行贿张居正原本以为他会收下却不料遭到坚决拒绝并退回礼物历史记载“当时江陵张居正当国用法度来管理天下特别关心边事成梁晋升爵位宁远伯时用金子送给居正居正对他使者说你主人靠百战得到功名我接受金子这是给高皇帝找罪受”。 这次拒绝受贿的举动从侧面印证了两人相知相重的特殊关系。