中国古代马神祭祀最早见于周代，《周礼》记载了四季分别祭祀马祖、先牧等神的制度。该传统延续至隋唐宋时期，元代中断后，明洪武年间由朱元璋恢复。据《明史·礼志》载，洪武二年（1369年）在南京后湖建四坛祭祀马祖等神，采用少牢规格，其规模超过前代。到洪武五年（1372年），祭祀简化为春祭一坛，供奉对象调整为司马、马祖、先牧三神，显示明代马政体系逐渐完善。
马神庙的历史演变是中国古代文化传承与创新的生动例证；从周朝的分散祭祀到明朝的系统整合——再到清朝的民间化转变——这个过程展现了中国传统文化的韧性和包容性。朱元璋恢复和改革马神祭祀制度，不仅是对传统的延续，更说明了通过宗教制度管理重要资源的治国理念。清代马神庙的演变则揭示了官方制度与民间信仰的互动融合。这一历史进程表明，文化发展始终是在多元力量的相互作用中不断演进的。