2024年9月，前台北市长柯文哲被控于京华城案涉嫌图利、受贿等罪，被台北地方法院裁定羁押禁见。民进党立委王世坚给柯文哲送鸡鸭饭、起酥蛋糕与能量饮料到台北看守所会客未果。陈佩琪透露柯文哲被抓走后，她想送食物给他补充体力，可都被拒绝了。原因是民进党立委为了羞辱他，去台北看守所送鸡鸭饭和起酥蛋糕给柯文哲，这个举动让柯文哲关闭了所有人送食物和物资的管道，还开始吃素。过了一段时间后，因为打菜和回收厨余时间不同，他觉得不方便吃素就没有继续严格坚持。但他和室友约定好，荤食由室友先夹去吃，剩下的素菜才给他。 直到2025年初，柯文哲又再被抓进去，他才接受陈佩琪送菜。他只要青菜和一些豆腐、鸡蛋就好。可是陈佩琪还是会夹带些干煎鱼块给他，认为他节俭一定能吃完。同时她还经过台北看守所的行政中心送钙片和叶黄素给他，感谢看守所更换了较明亮的灯泡给他（牢房内灯光很阴暗）。 台北看守所关押期间把柯文哲身体弄坏不少。因为有一年多时间被关在阴暗、不见阳光的牢房内，除了少数开庭时刻外终日都在里面。尽管如此他还是认真备战活动。这次柯文哲归队并参与活动让黄国昌主席承诺给他一个承诺：去年曾许诺只要柯文哲出来，第二年他一定骑完全程。陈佩琪表示过民进党立委为了羞辱而送东西让柯文哲关闭了所有人送食物和物资的管道，这种行为可见民进党的凶残程度。 60多岁的人当过首都市长和5年在野党主席就这样被抓进去关押一年是挺惨的。就因为当市长时把议员陈情交给幕僚处理就被关起来肌肉流失、骨质疏松。陈佩琪表示如果阿北这样的状态还没被整挂下去，那民进党以后对政敌的整肃功力会更强一些。