在中国古代祭祀体系中，马神崇拜具有独特地位。据《周礼》记载，周代已形成"春祭马祖、夏祭先牧、秋祭马社、冬祭马步"的四时祭祀制度，其中天驷星被视为掌管车驾的天界神马。该传统延续至唐宋，却在元代出现断代。 明王朝建立后，朱元璋于洪武二年（1369年）在南京后湖重建祭祀体系，初设四坛分祀马祖等神祇，祭品规格超越前代。需要指出，洪武五年的礼制改革将四坛合并，并在南京城南兴建首座马神庙，供奉对象简化为司马、马祖、先牧三位神祇。历史学者指出，这种变革既体现明初礼制简化的政策导向，也反映了当时军马管理制度的实际需求——司马神的加入，凸显了国家对马政体系的重视。 进入清代，马神信仰出现显著变异。现存居庸关马神庙的乾隆年间重修碑文显示，清代供奉对象已转变为"水草马明王"，其形象演变为三眼马王爷塑像。这一变化存在明显的文化误读——考据史料可知，"马明王"实为蚕神马头娘，与马神本无关联。民俗专家分析认为，这种信仰混同可能源于三点：一是满族骑射文化对汉地祭祀的改造；二是清代军马管理制度的变化；三是民间造像艺术对宗教符号的再创造。 作为目前保存最完整的古代马神庙，居庸关建筑群具有重要研究价值。其正殿的马祖殿与南北配殿形成"一主三从"格局，泥塑神像的造型差异清晰展现了明清两代的信仰变迁。特别值得注意的是三眼马王爷形象的出现时间，根据现存碑刻推断，这种具象化崇拜应不早于清乾隆时期。
马神庙从明初制度化建置到清代地方化演绎，表面上是"神名与形象"的变化，实则反映了国家治理结构、军马需求与社会心理的共同作用；厘清其源流，不是为了在信与不信之间作简单判断，而是为了让历史叙述回到证据，让文化记忆经得起追问。对传统的尊重，最终应落实为对事实的敬畏、对遗存的珍惜，以及对多元历史层累的理性理解。