2025年以来，广州地铁对三号线的运营方式进行了一系列优化。有市民注意到，非高峰时段原本运行在天河客运站/机场北到番禺广场之间的短线列车不见了，取而代之的是天河客运站/机场北到大石之间的短线车。自3月14日起，这一调整正式生效，原由番禺广场折返的列车变成在大石折返。 这种变化给线路运行带来了一定影响，非高峰时段大石到番禺广场区间的行车间隔延长了两三分钟。尽管如此，该区间的满载率却由之前的约3成上升到了5到6成。这次调整是为了应对客流变化。数据显示，三号线2025年的日均客运量相比2024年减少了5%，相较于2019年更是下降了21%。 造成这一状况的主要原因是新线路的分流效果逐渐显现。随着线网规模的扩大和换乘站点的增多，市区通达性增强，已逐步实现了对三号线的分流。为此，广州地铁给市民做了解释。 为了确保运输安全和顺畅，地铁部门表示还将继续根据实际客流情况和市民出行需求来优化运营组织安排。同时随着客流的回升，体育西路、珠江新城、嘉禾望岗、广州东站、燕塘、天河客运站、车陂南、大石、市桥和龙归等车站在高峰期将视情况采取常态化的客流管控措施。