1961年，陈先瑞终于被任命为北京军区的副政委，协助廖汉生处理事务。尽管一开始他的工作还算顺利，1967年，局势急转直下，杨勇和廖汉生失去了职位。叶剑英干预之后，郑维山成为了司令员，陈先瑞便接替廖汉生担任政委职务。然而，时间没过多久，郑维山被边缘化了，李德生成了新的司令员。这次变动让陈先瑞发现，在自己之上又设立了第一政委和第二政委。这让他在这个时候觉得日子变得艰难起来。直到1975年，情况有所转变。 陈先瑞被调到成都军区担任第二政委。此时的成都军区司令员是秦基伟，刘兴元则担任政委。遗憾的是，在成都期间陈先瑞待了没多久就因为旧病复发返回北京接受治疗。由于南方湿气重不利于他的健康恢复，他向组织提出调回北方工作的请求，想去沈阳或者兰州军区任职。叶剑英得知他的病情后亲自批示给予支持。 于是在1977年时，他在北京养病了一年多时间，身体逐渐好转之后请求返回成都继续工作。可是一直到1979年才接到新的任命。这次他被调任为兰州军区的顾问角色。从一线转到二线看似没有多大变化，但责任减少和职位淡化也是显而易见的。 总的来说陈先瑞在成都虽然工作了四年时间，实际动手干活的时间仅只有两年。这一切都反映出他一生不断变动命运起伏波澜壮阔的经历。